Місто Ніжин має розвинену мережу автомобільного транспорту. Довжина міських автобусних маршрутів – 113 км. В місті діє 13 маршрутів. Пасажирські перевезення в місті виконують: ТОВ «Пассервіс», ТОВ «ГраАль», «Омнібус Н» та ФОП "Супруненко". Щоденно на маршрутах працює близько 80 одиниць транспорту. Щоденно по місту перевозиться близько 32 тис. чол.

№ п/п	Назва маршруту	Номер маршруту	Рух пасажирського транспорту по вулицях	Кількість транспорту на маршруті, назва перевізника який обслуговує маршрут
1	«Урочище «Ветхе» – поліклініка»	1	Челюскіна – Овдіївська – пл. І.Франка – Батюка	(2) - ПП « Омнібус – Н »
2	«Урочище «Ветхе» – залізничний вокзал»	2	Челюскіна – Овдіївська – пл. І.Франка – Шевченка – Вокзальна	(4) - ПП « Омнібус – Н »
3	«Вул. Космонавтів – НВК «Прогрес» - вул. Космонавтів – дачний масив (поблизу с. Хвилівка)»	4	Космонавтів – Московська – Набережна – пл. І.Франка – Шевченка – Носівський шлях - Космонавтів – Московська – Набережна – пл. І.Франка – Шевченка – Прилуцька	(4) - ТОВ « Пассервіс »
4	«Вул. Червонокозача – залізничний вокзал»	5	Червонокозача – Шевченка – пл. І.Франка – Батюка – Московська – Набережна – пл. І.Франка – Шевченка – Вокзальна	(1) - ПП « Омнібус – Н »
5	«ЗАТ «НІФАР» – залізничний вокзал»	7	Березанська – Л. Толстого – Борзнянський шлях – Московська – Набережна – пл. І.Франка – Шевченка – Вокзальна	(4) - ТОВ « Пассервіс »
6	«Залізничний вокзал – ВАТ «Заводоуправління будматеріалів» - залізничний вокзал – вул. Космонавтів»	8	Вокзальна – Шевченка – Корчагіна – Ващенка – Шикерогринівська – Василівська – Подвойського – Московська – Борзнянський шлях - Вокзальна – Шевченка – пл. І.Франка – Набережна – Московська – Космонавтів	(4) - ФОП « Супруненко І.В.»
7	«Вул. Колгоспна – залізничний вокзал»	11	Колгоспна – Воздвиженська – пл. І.Франка– Шевченка – Вокзальна	(1) - ТОВ « Пассервіс »
8	«Вул. Колгоспна – залізничний вокзал»	11	Колгоспна – Воздвиженська – пл. І.Франка– Шевченка – Вокзальна	(1) - ТОВ « Пассервіс »
9	«Вул. Кунашівська – залізничний вокзал»	13	Кунашівська – Франка – Василівська– Подвойського – Батюка – пл. І.Франка – Шевченка – Вокзальна	(1) ТОВ « Пассервіс»
10	«Залізничний вокзал – вул. Незалежності – вул. Космонавтів»	14	Вокзальна – Шевченка – Корчагіна – Незалежності – Василівська – Подвойського – Батюка – пл. І.Франка– Шевченка – Набережна – Московська – Космонавтів	(6) ТОВ « Пассервіс »
11	«ЗОШ № 5 – залізничний вокзал»	15	Широкомагерська ­­­- Московська – Батюка – пл. І.Франка – Шевченко - Вокзальна	(4) ТОВ « Пассервіс »
12	«Вул. Комунарів – залізничний вокзал»	16	Комунарів – Липіврізька – Червоноармійська – Московська – Батюка – пл. І.Франка – Шевченка – Вокзальна	(4) ПП « Омнібус – Н »
13	«Заводська» – вул. Космонавтів»	39	Прилуцька – Вокзальна – Шевченка – пл. І.Франка – Набережна – Московська – Космонавтів	(22) ТОВ « Пассервіс »

Будинок теперішнього вокзалу споруджено 1889 року. Вокзал побудували на відстані 5 кілометрів від міста. З червня по вересень 1999 року відбулась реконструкція залізничного вокзалу та відкриття руху електропоїздів через Ніжин на Чернігів. Будівельно-реконструційні роботи були пов'язані з модернізацією залізничної інфраструктури на ділянці Київ — Чернігів та електрифікацією ділянки Ніжин — Чернігів. Урочисту церемонію відкриття руху поїздів здійснював Президент України Л. Д. Кучма.

Нині Південно-Західна залізниця, яка сполучає Хутір-Михайлівський, Конотоп, Ніжин, Київ, Фастів I, Козятин I, Бердичів, Шепетівку й Здолбунів, електрифікована. Це одна з найважливіших залізничних магістралей країни.

Карта